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大西洋联邦宇宙军实行典型的军政，军令分开体制，其行政管理和作战指挥系统各自相对**。联邦海军部是最高行政领导机构，隶属大西洋联邦国防部，主要负责制定宇宙军的战略规划、经费预算、政策法令、军官普升和后勤管理等事务，没有作战指挥权。
大西洋联邦宇宙军作战部是大西洋联邦海军最高军事职能部门，隶属联邦宇宙司令部，作战部不直接指挥部队作战，平时主要负责宇宙舰队的行政管理、军事训练和制定装备发展计划，战时向各舰队司令部提供作战部队。联邦宇宙军的作战指挥由其所在的舰队司令部组织实施。宇宙司令部作战部长是宇宙军最高军事首长。直接对宇宙军司令长官负责，宇宙军作战部队实行行政编组和任务编组双重组织体制。
行政编组，也称舰队编组，是宇宙军的永久性编组。大西洋联邦宇宙作战部下辖第1，2，3，4，5，6，7和第8舰队，第1，2，3，4，5，6舰队司令长官为少将军衔；第6，7，8舰队司令长官为准将军衔，参联会驻月球央司令部司令长官为将军衔，央司令部分别下辖航空兵部队司令部、特殊舰艇部队司令部、陆战部队司令部。所有兵种司令部对所辖部队无作战指挥权。主要负责所辖部队的行政管理和物资技术保障，实施人员调动、分配、后勤保障及组织训练。其空兵部队司令部、特殊舰艇部队司令部、陆战部队司令部为上校军衔联邦宇宙军陆战队虽然隶属于宇宙军司令部，但是有**的组织系统。陆战队总司令部设在华盛顿，军衔少将。副司令驻月球，军衔准将，按行政编组分为各个舰队陆战队司令部，在作战编组上归舰队司令指挥，军衔上校。各舰队陆战队司令部下辖远征军。
作战编组，又称任务编组，联邦宇宙军分为编号舰队、特混舰队、特混大队、特混小队和特混分队。具体兵力组成根据任务需要而临时编队，任务完成后各部队返回原行政建制单位。目前，联邦宇宙军战区作战编组如下
驻月球托勒密基地驻留舰队——下辖第1，4，5，6，7舰队
新星驻留舰队——下辖第2，3舰队
驻地球低轨道舰队——第8舰队
大西洋联邦宇宙军军官由现役军官和后备役军官组成。军衔分为10个等级，